Midler med denne virkningsmekanismen vil endre/ødelegge DNA. Bakterien klarer ikke lenger å produsere viktige proteiner og den vil dø. Virker baktericid.
Metronidazol og nitrofurantion er eksempler på midler med denne virkningsmekanismen. Begge midlene stimulerer dannelsen av reaktive oksygenradikaler (ROS = Reactive Oxygen Species)som skader DNA.
Fluorokinolonene (ciprofloksacin, ofloksacin, levofloksacin og moksifloksacin) angriper også DNA, men virker på en annet måte. DNA gyrase (også kalt topoisomerase) er et enzym som «retter» ut supercoils i DNA, slik at det opprettholder sin normale struktur. Dette skjer ved at deler av DNA kuttes for deretter å limes sammen igjen. De antibakterielle midlene øker kutteaktiviteten, men ikke limeprosessen og forårsaker dermed skader.