Ziehl- Neelsen er en fargemetode som brukes til farge bakterier med hensyn til syrefasthet. Preparatet, gjerne direkte fra prøvemateriale, må være varme-fiksert og farges deretter med det røde fargestoffet karbolfuksin. Etter skylling med vann, blir preparatet vasket flere ganger med syreholdig alkohol. Mykobakterier og noen andre bakteriearter er syrefaste, det vil si at de beholder rødfargen trass i syrebehandlingen. Etter avfarging kontrastfarges preparatet med malakittgrønt. Mykobakteriene vil dermed få rødrosa farge, mot grønn bakgrunn. Ikke-syrefaste bakterier vil avfarges med den sterke syrebehandlingen og får dermed grønn farge. Denne fargemetoden benyttes med vanlig lysmikroskopi.
Bruken av syre som avfargingsmetode ble introdusert av den nobelpris-vinnende tyske legen Paul Ehrlich, men metoden som brukes i dag ble modifisert og dermed navngitt av to andre tyske leger (Franz Ziehl, bakteriolog, og Friedrich K. A. Neelsen, patolog).
Auramin er en farge som særlig brukes innen mykobakteriologidiagnostikk. Her brukes en fluorescerende løsning (auramin) for å farge de syrefaste bakteriene, slik at de enkelt kan visualiseres ved et fluorescensmikroskop. Denne metoden er mindre spesifikk, men har høyere sensitivitet enn Ziehl-Neelsen og fungerer derfor veldig godt som en screening-metode.
