Ultralydenergi kan gi opphav til både ønskede og uønskede termiske og mekaniske bioeffekter. Dette utnyttes også klinisk: termiske effekter i utstyr for oppvarming av muskler og sener i fysioterapi, og mekaniske effekter ved knusing av nyre- og gallestein og ved ultralydkirurgi. Lokal oppvarming skyldes avsetting av energi.

I avbildningsutstyr er den termiske energien størst ved bruk av Doppler og farge-doppler siden pulslengdene da er størst. De mekaniske effektene skyldes lydtrykk som er så store at vevet blir revet fra hverandre (kavitasjon). Dette skjer lettest når det brukes korte pulser (B- og M-mode), og kanskje særlig i M-mode siden strålen ikke flytter seg. Som oftest er sjansen for å få lokal oppvarming større enn muligheten for mekaniske effekter. Utgangsnivåer blir regulert av krav fra forskjellige myndigheter, hvor den mest toneangivende er den amerikanske Food and Drug Administration. Utstyr som har vært produsert de siste årene har en visning av enten en termisk eller mekanisk indeks. Den termiske indeksen er et estimat av lokal oppvarming i grader Celsius. Den finnes i 3 varianter: TIS (Thermal Index Soft tissue) for bløtvev, TIB (Thermal Index Bone) for ben i fokus, dvs for fosteravbildning og TIC (Thermal Index Cranial) for ben rett under proben ved avbildning i hodet. Den mekaniske indeksen (MI), også kalt kavitasjonsindeksen (CI), angir muligheten for kavitasjon. Den er basert på et estimat av kavitasjonsterskelen: MI= p_ / √f, der p_ er maksimal negativ trykkamplitude i MPa og f er frekvensen i MHz.

Ved hjelp av disse indikatorene er det mulig for brukeren å velge eksponeringsdose og vurdere risiko. Generelt regner en at vev kan utsettes for temperaturøkninger på opptil 1.5° C i ubegrenset tid, mens eksponeringstiden må begrenses for høyere temperaturpåkjenninger. Maksimal tillatt mekanisk indeks er 1.9.